施一公等人筹办的学校采用基金会办学模式，政府的拨款、企业的投入、社会募捐、学费收入、学校经营收入等都进入基金会，再由基金会成立董事会，董事会校董会负责制定学校办学重大战略、选择校长等核心事务。校董会作为最高决策机构，实行董事会领导下的校长负责制，校长执行董事会决定，负责学校日常管理。同时设立监事会、顾问委员会、校务委员会、学术委员会和学位委员会等，按照章程和相关规定开展活动。